툴 자체의 기능을 보면 개인적으로 매우 큰 차이는 없다고 생각 되네요
그나마 차이라면은

1. 단순 구색 맞추기에 가깝던 VXA의 캐릭터 메이커에 비해 MV는 상당히 다양하게 캐릭터를 만들 수 있게 구성 되어있습니다.

2. 구조물에 따른 우선 순위가 MV가 좀 더 세부화 되어있어서 MV가 맵 배치에 좋습니다.

다만 스크립트와 플러그인이라는 부가 효과면에서 보자면 차이는 큽니다.
각 버전에만 있는 기능의 스크립트 혹은 플러그인이 있기도 하고
MV의 경우 비교적 최근이고 이 때부터 외국 유저들이 본격적으로 알만툴에 손을 대서 그런지 외국 자료가 방대합니다.
반면 VXA의 경우 시간이 꽤 지나다 보니 소실 된 자료가 꽤 많습니다

그래서 개인적으론 MV를 추천 드립니다만 VXA도 나쁘지 않은 툴이긴 합니다.

기능적으론 크게 차이가 없습니다
물론 이건 이벤트 얘기라 다른건 좀 차이가 나는데요
루비언어(vxa) vs 자바 스크립트(mv)
칸당 32×32(vxa) vs 칸당48×48(mv)
정도라 볼 수 있습니다

그리고 윗분이 mv의 장점 위주로 설명해서 전 ace장점 몇개 읇어 보겠습니다
일단 기본 리소스가 꽤나 많고 다양한 모션들이 있어 연출상 좋습니다 거기다 미리 갖춰져 있는 데이터 베이스는 rpg를 간단히 만들기엔 편리하고요(물론 이건 rpg를 안만들거라면 상관없는 이야기긴 합니다)