지금 발생중인 오류의 원인이 저장 크기가 아니라 undefined로 설정해둔 값들이 null값으로 대체되었기 때문이란걸 알았습니다...
혹시 Json이란건 저장 데이터의 크기는 상관이 없고 저장 객체의 깊이만 제한을 둔 상태 인가요?
아니면 JsonEx.maxDepth가 이름만 깊이고 사실 크기를 제한하는 변수인가요?
혹시 나중에 정말로 세이브파일 크기 때문에 문제가 생겼을 경우를 대비해서 확실히 알고 싶습니다.

변수 중에 오브젝트나 배열이 있으면 순환 참조 방지를 위한 기능을 넣고 재귀적으로 다시 호출합니다. 그때 깊이 값이 오르는데요. 다시 오브젝트나 배열을 만나면 깊이 값이 계속 오르는 겁니다.

깊이 값에 제한을 두는 이유는 콜 스택 크기 때문입니다.

함수가 호출되면 함수 자신만의 스택 프레임이 생성되고, 함수 파라미터 정보와 지역 변수, 리턴 값, 복귀 주소 등이 저장됩니다. 함수가 정상적으로 끝나기 전까지는 이 스택이 정리되지 않습니다.

재귀의 깊이를 체크하지 않으면, 이 스택이 계속 쌓이면서 언젠가는 RangeError: Maximum call stack size exceeded 오류로 게임이 중단될 수 있습니다.

용량 문제 보다는 내부에 게임 오브젝트에 배열이나 객체 등이 많이 들어간 것 같네요. 별도의 JSON 파일로 만들어서 불러오는 방법도 있습니다.

오오... 깊게 복사하기 같은 함수에 제한을 걸어놓은 느낌이네요.
앞으로 더 깊이질 일은 거의 없기떄문에 다행입니다.
답변해주셔서 감사합니다.