모리야 신사에 사는 뱀과 계절의 신, 「야사카 유야」는

시간을 거슬러 내려가 서기 3천년 쯤의 환상향에 도착하고,

「서기 3000년의 토요사토미미노 미코」와 대면하게 된다.

하지만 제대로 능력을 쓰는 법을 깨우치지 못한 유야는

서기 3천년의 미코의 공격을 받고 유야가 위험한 여정을 맨 처음 시작했을,

서기 2020년으로 되돌아가게 된다. 그리고 그와 함께 기억도 사라지게 된다.

그리고 그 속에서 「검은 조직」 에 대한 단서를 찾게 되는데...

과연 그는 동료들과 함께 힘을 기르고, 기억을 찾아내고, 단서를 모아,

서기 3천년의 미코를 쓰러뜨릴 수 있을까?

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