명령창이 세로로 늘어나면서 정보창과 겹치는 경우로군요.  이 경우 Scene_Menu의 메인에서 명령창을 정의할 때:

    if @command_window.height > (지정수치)
      @command_window.height = (지정수치)
    end

를 넣어서 세로크기를 제한해주면 됩니다.