기본 스크립트를 수정하는 스크립트를 적용할 때는 되도록이면 기본 스크립트 직접수정보다는 기본 스크립트를 복사해서 새로 만든 빈 페이지에 붙여넣기 한 뒤에 거기에 적용하는 것을 권합니다(그래야 문제가 생기면 추가한 스크립트를 제거하기 쉬워지므로).
아, 그리고 저거 end 하나를 지우세요. 해당 메쏘드만 뚝 떼어서 다른 곳에 복사한 게 아니라면 end가 세 개 들어갈 이유가 없습니다.

**잘은 모르겠는데 이렇게 하면 안될까요:

def initialize(x, y, width, height)
   super
   if $game_variables[1] == 1
      self.windowskin = Cache.system("Window2")
   else
      self.windowskin = Cache.system("Window")
   end
   update_padding
   update_tone
   create_contents
   @opening = @closing = false
end