폴더채로 한꺼번에 등록하는 방법은 아마 없을 겁니다. 해당 폴더의 내용물을 파일 관리자(탐색기라든가)에서 모두 복사->붙이기하면 되겠지만 원본이 투명처리가 안되어 있다면 각각의 파일을 개별적으로 투명처리를 해 줘야 하죠(결국은 그게 그건가).
만일 기본으로 제공되는 디렉토리 외에 새로 디렉토리를 만들어서 프로젝트에서 인식시키려고 한다면 스크립트의 Cache 모듈을 수정해서 새로 만든 디렉토리를 불러오도록 해야 합니다. 물론 이건 실행중인 게임에만 해당되는 거고 제작툴에서는 인식 못할 확률이 높습니다(이런 건 주로 스크립트로 다른 그래픽 요소를 불러와서 사용할 때 씁니다. 가령 움직이는 배틀러 스프라이트시트라든가 parallax mapping에 쓰이는 맵 원경이라든가(이건 아닌가)).