투명색 지정을 하지 않으시면 저렇게 됩니다.
혹시 타일셋 추가하실 때 그대로 graphics/tileset 폴더에 집어넣으셨는지요?
그렇게 하시면 투명색이 지정되지 않습니다.

조금 귀찮으시더라도 소재 추가 => 타일 불러오기 => 투명색 지정 단계를 거치시면
해결될 것입니다.